| Pulgaon Jn | PLO | — | — |
| Pune Jn | PUNE | — | — |
| Purna Jn | PAU | दक्षिण मध्य रेलवे (SCR) | महाराष्ट्र |
| Purnia Jn | PRNA | — | — |
| Purulia Jn | PRR | — | — |
| Rae Bareli Jn | RBL | — | — |
| Raipur Hariyana Junction | RPHR | उत्तर रेलवे (NR) | हरियाणा |
| Raipur Jn | R | — | — |
| Rajkharsawan Jn | RKSN | — | — |
| Rajkot Jn | RJT | पश्चिम रेलवे (WR) | गुजरात |
| Rajpura Jn | RPJ | — | — |
| Rajula Jn | RLA | पश्चिम रेलवे (WR) | गुजरात |
| Ramkanali Jn | RKI | दक्षिण पूर्व रेलवे (SER) | पश्चिम बंगाल |
| Ranaghat Junction | RHA | पूर्व रेलवे (ER) | पश्चिम बंगाल |
| Rangiya Jn | RNY | — | — |
| Ratangarh Junction | RTGH | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Ratlam Jn | RTLM | — | — |
| Ratlam Jn | RTM | — | — |
| Raxaul Jn | RXL | पूर्व मध्य रेलवे (ECR) | बिहार |
| Renigunta Jn | RU | — | — |
| Ringas Junction | RGS | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Rohtak Jn | ROK | उत्तर रेलवे (NR) | हरियाणा |
| Roza Jn | ROZA | — | — |
| Rupsa Jn | ROP | — | — |
| Sabarmati Jn | SBT | — | — |
| Sabarmati Jn | SBI | — | — |
| Sadulpur Junction | SDLP | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Sagauli Jn | SGL | पूर्व मध्य रेलवे (ECR) | बिहार |
| Saharsa Jn | SHC | पूर्व मध्य रेलवे (ECR) | बिहार |
| Sahibganj Jn | SBG | — | — |
| Sahibpur Kamal Jn | SKJ | पूर्व मध्य रेलवे (ECR) | बिहार |
| Sakri Jn | SKI | — | — |
| Sakrigali Jn | SLJ | — | — |
| Salem Jn | SA | — | — |
| Salempur Jn | SRU | पूर्वोत्तर रेलवे (NER) | उत्तर प्रदेश |
| Samakhiali Jn | SIOB | — | — |
| Samalkot Jn | SLO | — | — |
| Samastipur Jn | SPJ | — | — |
| Samdhari Jn | SMR | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Samlaya Jn | SMLA | — | — |
| Santragachi Jn | SRC | — | — |
| Saoner Junction | SONR | दक्षिण पूर्व मध्य रेलवे (SECR) | महाराष्ट्र |
| Sarupsar Jn | SRPR | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Secunderabad Jn | SC | — | — |
| Senchoa Junction | SCE | पूर्वोत्तर सीमांत रेलवे (NFR) | असम |
| Shahganj Jn | SHG | — | — |
| Shapur Jn | SHH | पश्चिम रेलवे (WR) | गुजरात |
| Shikohabad Jn | SKB | — | — |
| Shoranur Jn | SRR | — | — |
| Sikar Junction | SIKR | उत्तर पश्चिम रेलवे (NWR) | राजस्थान |
| Siliguri Jn | SGUJ | पूर्वोत्तर सीमांत रेलवे (NFR) | पश्चिम बंगाल |
| Simaluguri Jn | SLGR | पूर्वोत्तर सीमांत रेलवे (NFR) | असम |
| Sini Jn | SINI | — | — |
| Sirhind Jn | SIR | — | — |
| Sitamarhi Jn | SMI | — | — |
| Siwan Jn | SV | — | — |
| Solapur Jn | SUR | — | — |
| Sonarpur Junction | SPR | पूर्व रेलवे (ER) | पश्चिम बंगाल |
| Sonpur Jn | SEE | — | — |
| Sorbhog Jn | SBE | — | — |